Το σχολείο αποτέλεσε φυτώριο δεκάδων σημαντικών προσωπικοτήτων. Μεταξύ των μαθητών που πέρασαν από τις αίθουσες της Βίλας Αμαλία ήταν ο στιχουργός Λευτέρης Παπαδόπουλος, ο εικαστικός Αλέκος Φασιανός, ο σκηνοθέτηςΘεόδωρος Αγγελόπουλος, ο αρχιεπίσκοπος Αλβανίας Αναστάσιος και ο συγγραφέας Χρήστος Γιανναράς.
Το 2ο Γυμνάσιο Αρρένων ιδρύθηκε το 1862 και πρωτολειτούργησε στην Πλάκα. Στις αρχές του 20ού αιώνα φιλοξενήθηκε στο κτίριο του πρώην Βασιλικού Τυπογραφείου στη Σταδίου, για να μεταστεγαστεί το 1932 και ως το 1973 στην περίτεχνη Βίλα Αμαλίας. Μετά την εκ νέου μεταστέγαση του σχολείου στην περιοχή της πλατείας Βάθη, όπου λειτουργούσε έως το 2011, η Βίλα εγκαταλείφθηκε.
Η Βίλα Αμαλίας βρίσκεται στη συμβολή των οδών Αχαρνών και Χέυδεν. Το κτίριο χτίστηκε στα τέλη του 19ου αιώνα και φημολογείται ότι οικοδομήθηκε σε προσχέδια του Ερνέστου Τσίλλερ. Το 1975, αφού είχε γίνει η μεταστέγαση του σχολείου, η Βίλα απαλλοτριώθηκε από το Ελληνικό Δημόσιο και περιήλθε στην κυριότητα του Οργανισμού Σχολικών Κτιρίων.
Το 1990 καταλήφθηκε από αντιεξουσιαστές. Σήμερα το κτίριο ανήκει στον δήμο Αθηναίων, ωστόσο δεν είναι σαφές από πότε. Πάντως, σύμφωνα με σχετικά έγγραφα, το κτίριο ανήκε στον ΟΣΚ σίγουρα ώς το 1998.
Όπως εξηγεί ο πρόεδρος των αποφοίτων του 2ου Γυμνασίου Αρρένων, επιχειρηματίας, Νίκος Βερροιόπουλος, «κακώς το κτίριο αποκαλείται Βίλα Αμαλίας, καθώς πρόκειται για ονομασία που του έδωσαν οι καταληψίες τη δεκαετία του ’90. Είχε προηγηθεί η κατάληψη εγκαταλειμμένου κτιρίου στη λεωφόρο Αμαλίας, που κράτησε λίγο. Φεύγοντας από εκεί, οι καταληψίες βρήκαν ελεύθερο το συγκεκριμένο κτίριο, το κατέλαβαν και του έδωσαν τη συγκεκριμένη ονομασία».
Ο ίδιος προσθέτει ότι πρόκειται στην πραγματικότητα για δύο κτίρια, που μοιράζονται κοινή αυλή και αποτέλεσαν επαύλεις των οικογενειών Ράλλη και Αργυρόπουλου.
Η έπαυλη Αργυρόπουλου, ακριβώς στη συμβολή των οδών Αχαρνών και Χέυδεν (η γνωστή σήμερα ως Βίλα Αμαλίας, όπου στεγάστηκε και το 2ο Γυμνάσιο) αποτέλεσε την κατοικία του πρεσβευτή Περικλή Αργυρόπουλου, ενώ η έπαυλη Ράλλη, στην πίσω πλευρά, κατά μία εκδοχή αποτέλεσε την κατοικία του πρωθυπουργού της κατοχικής κυβέρνησης, Ιωάννη Ράλλη.