Η εορτή των Θεοφανίων περικλείει και πολλές εκδηλώσεις που αποτελούν διαιώνιση αρχαίων (ελληνικών) εθίμων. Στην αντίληψη του Ελληνικού λαού τα Θεοφάνια είναι «Μεγάλη γιορτή Θεότρομη». Για μερικές μάλιστα περιφέρειες της Μακεδονίας (Δυτικής) αποτελούν τη μεγαλύτερη γιορτή του έτους και κάθε καινούργιο ρούχο το «πρωτοφορούν στα Φώτα για να φωτιστεί».

Αλλά και κατά τη δογματική η Βάπτιση του Χριστού συμβολίζει τη παλιγγενεσία του ανθρώπου έχοντας έτσι μεγάλη σημασία, γι΄ αυτό και μέχρι το Δ΄ αιώνα οι χριστιανοί γιόρταζαν Πρωτοχρονιά στη Βάπτιση του Χριστού στις 6 Ιανουαρίου.

Βασική τελετουργία των Θεοφανίων είναι ο «αγιασμός των υδάτων» με τη κατάδυση του Σταυρού κατά μίμηση της Βάπτισης του Θεανθρώπου. Στην ελληνική εθιμολογία όμως, ο εν λόγω Αγιασμός έχει και την έννοια του καθαρμού, του εξαγνισμού των ανθρώπων καθώς και της απαλλαγής του από την επήρεια των δαιμονίων. Η τελευταία δε αυτή έννοια δεν είναι ασφαλώς αυστηρά χριστιανική, αλλά έχει ρίζες στην αρχαία λατρεία. Στα περισσότερα μέρη της Ελλάδας ο αγιασμός γίνεται για πρώτη φορά (στις μέρες αυτές) τη παραμονή των Θεοφανίων που λέγεται «μικρός αγιασμός» ή «Πρωτάγιαση» ή «Φώτιση». Με τη πρωτάγιαση ο ιερέας γυρίζει όλα τα σπίτια και με το Σταυρό και ένα κλωνί βασιλικό «αγιάζει» ή «φωτίζει» (ραντίζει) τους χώρους των σπιτιών. Η πρωτάγιαση είναι και το αποτελεσματικό μέσο με το οποίο τρέπονται σε άγρια φυγή οι καλικάντζαροι εκτός από το άναμμα μιας μεγάλης υπαίθριας φωτιάς.
Ο Μεγάλος όμως Αγιασμός γίνεται ανήμερα των Θεοφανίων εντός των Εκκλησιών σε ειδική εξέδρα στολισμένη επί της οποίας φέρεται μέγα σκεύος γεμάτου ύδατος. Στη συνέχεια γίνεται η κατάδυση του Σταυρού στη Θάλασσα ή σε γειτονικό ποταμό ή λίμνη ή και στην ανάγκη σε δεξαμενή (όπως στην Αθήνα). Η κατάδυση του Σταυρού, κατά τη λαϊκή πίστη δίνει στο νερό καθαρτικές και εξυγιαντικές ικανότητες. Οι κάτοικοι πολλών περιοχών μετά τη κατάδυση τρέχουν στις παραλίες της θάλασσας ή στις όχθες ποταμών ή λιμνών και πλένουν τα αγροτικά τους εργαλεία ακόμη και εικονίσματα. Κατά τη κοινή λαϊκή δοξασία ακόμη και τα εικονίσματα με το πέρασμα του χρόνου χάνουν την αρχική δύναμη και αξία τους που την αποκτούν όμως εκ νέου από το αγιασμένο νερό.

Αυτή ακριβώς η διαδικασία δεν αποτελεί παρά μόνο ακριβώς πιστή επιβίωση των αρχαίων δοξασιών. Οι αρχαίοι π.χ. Αθηναίοι είχαν τη τελετή (διαδικασία) των γνωστών «Πλυντηρίων» όπως την αποκαλούσαν κατά την οποία μετέφεραν «εν πομπή» στην ακτή του Φαλήρου το άγαλμα της Αθηνάς. Εκεί το έπλεναν με θαλασσινό νερό για να το καθαρίσουν από ρίπους και να ανανεωθούν οι ιερές δυνάμεις του αγάλματος.

Σήμερα οι γυναίκες πολλών περιοχών επαναλαμβάνουν αυτό το αρχαίο έθιμο το πλύσιμο των εικόνων συνδυαζόμενο όμως και με άλλες πράξεις της μεσαιωνικής και αρχαίας μαγείας. Όπως στη Πλάκα τηςΜυτιλήνης που την ώρα που βουτούν οι βουτηχτάδες να πιάσουν τον Σταυρό οι γυναίκες την ίδια στιγμή «παίρνουν με μια κρατούνα (= νεροκολοκύθα) νερό από 40 κύματα κι έπειτα με βαμβάκι που βουτούν σ΄ αυτό καθαρίζουν τα εικονίσματα χωρίς να μιλούν σε όλη αυτή τη διαδικασία («άλαλο νερό») και στη συνέχεια το νερό το ρίχνουν σε μέρος που δεν πατιέται (σε χωνευτήρι της εκκλησίας)».